基因分型面板准确识别血浆中固体癌的生物标志物


纽约(路透社健康) – 研究人员报告说,一种高度灵敏的无细胞DNA(cfDNA)测序方法可以同时测定血浆中固体癌的微卫星不稳定性(MSI)状态和基因组生物标志物。

国家综合癌症网络临床实践指南推荐MSI作为至少九种癌症类型的生物标志物。 MSI测试最常通过肿瘤组织标本的聚合酶链反应(PCR)和/或免疫组织化学(IHC)分析进行,但最近新一代测序(NGS)也已被证明可准确表征肿瘤中的MSI状态。

来自加利福尼亚州雷德伍德市Guardant Health的Martina I. Lefterova博士及其同事描述了MSI评估在无细胞循环肿瘤DNA平台(Guardant360)上的设计和验证,该平台还包括先前验证的74基因组。

研究小组在8月4日的在线临床癌症研究中报告,在分析灵敏度研究中,MSI检测的95%限制在5 ng输入时确定为0.4%,在30 ng输入时确定为0.1%。

在可评估的患者中,该平台准确检测到87%具有高MSI状态的组织和99.5%的微卫星稳定组织,总体准确度为98.4%(934/949个样本),阳性预测值为95%(71 / 75个样本)。

NGS(239 / 244,98.0%)和PCR(450 / 462,97.4%)的平台结果和组织MSI状态之间的一致性高于IHC(93 / 112,83.0%)。

当研究人员将MSI算法应用于他们实验室测试的超过28,000个连续晚期癌症患者的临床样本时,包含16种不同肿瘤类型的278个样本被确定为具有高MSI状态,这与总体患病率相似,约为1%以前报道的组织。

循环cfDNA的MSI状态也预测了免疫治疗反应。 16例转移性胃癌患者中有10例接受了MSI-high测试,其中3例患者完成(3例)或部分(7例)客观反应,其中3例患者病情稳定,经过pembrolizumab或nivolumab治疗后标准治疗失败化疗。这些反应在39周的中位治疗期间持久。

“总之,我们已经开发并验证了基于cfDNA的靶向NGS组,该组可准确评估MSI状态,同时还提供全面的肿瘤基因分型,允许从单一外周血液抽取中进行泛实体肿瘤指南完整测试,具有高灵敏度,特异性和精确性,“研究人员总结道。 “从简单的外周抽血中同时表征MSI状态和肿瘤基因型有可能扩大对所有晚期癌症患者的靶向治疗和免疫疗法的可及性,包括目前基于组织的检测范例不足的患者。”

位于哥伦布的俄亥俄州立大学的Sameek Roychowdhury博士最近评估了一种基于NGS的快速检测泛癌MSI的方法,他通过电子邮件告诉路透社记者,“这是一项激动人心的研究,显示非潜在的应用侵入性液体活检可以检测晚期癌症患者中称为MSIH(MSI-high)的临床相关模式。这种标记阳性的患者可以从免疫系统促进疗法中获益。“

“在某些情况下,测试患者的肿瘤样本或组织块是不可行的;在这些情况下,液体活检可以证明是有帮助的,”Roychowdhury博士说,他没有参与这项研究。 “有一点需要注意的是,本研究中显示的当前敏感性不是100% – 87%的病例(71/82)被正确识别。血液检测”MSIH阴性“的患者应进行肿瘤活检以确保它们没有这个标记。这是我们绝对不想错过的标记。“

Lefterova博士没有回应评论请求。

消息来源:https://bit.ly/2YVlDE6

Clin Cancer Res 2019。